Контролирующий орган выполняет следующие основные функции:
1) осуществляет в пределах своей компетенции государственный контроль (надзор) за соблюдением законодательства в сфере государственного оборонного заказа, за исключением осуществления государственного контроля (надзора) в отношении государственных контрактов в сфере закупок товаров, работ, услуг в целях обеспечения органов внешней разведки Российской Федерации средствами разведывательной деятельности, в целях обеспечения органов федеральной службы безопасности средствами контрразведывательной деятельности, борьбы с терроризмом, а также в целях обеспечения Государственной корпорации по атомной энергии "Росатом" товарами, работами, услугами по разработке, испытаниям, производству, разборке и утилизации ядерных боеприпасов и ядерных зарядов, обеспечению их надежности и безопасности на всех стадиях жизненного цикла, поддержанию базовых и критических технологий на всех стадиях жизненного цикла ядерных боеприпасов, ядерных зарядов, в том числе обеспечению ядерной и радиационной безопасности, формированию государственного запаса специального сырья и делящихся материалов;
2) выявляет нарушения законодательства в сфере государственного оборонного заказа, принимает меры по их прекращению и привлекает к ответственности за такие нарушения;
3) принимает меры по предупреждению нарушений законодательства в сфере государственного оборонного заказа;
4) обеспечивает защиту публичных интересов Российской Федерации при осуществлении государственного контроля (надзора) в сфере государственного оборонного заказа.