1. Налогоплательщики подлежат постановке на учет в налоговом органе по местонахождению участка недр, предоставленного инвестору в пользование на условиях соглашения, за исключением случаев, предусмотренных пунктом 3 настоящей статьи.
2. В случае, если в качестве инвестора по соглашению выступает объединение организаций, не имеющее статуса юридического лица, постановке на учет в налоговом органе по местонахождению участка недр, предоставляемого в пользование на условиях соглашения, подлежат все организации, входящие в состав указанного объединения, за исключением случаев, предусмотренных пунктом 3 настоящей статьи.
3. Если участок недр, предоставляемый в пользование на условиях соглашения, расположен на континентальном шельфе Российской Федерации и (или) в пределах исключительной экономической зоны Российской Федерации, постановка налогоплательщика на учет производится в налоговом органе по его местонахождению.
4. Особенности учета иностранных организаций, выступающих в качестве инвестора по соглашению или оператора соглашения, устанавливаются Министерством финансов Российской Федерации.
5. Заявление о постановке на учет в налоговом органе подается в налоговые органы в соответствии с пунктами 1 и 3 настоящей статьи в течение 10 дней с даты вступления соответствующего соглашения в силу.
6. Форма заявления о постановке на учет в налоговом органе устанавливается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.
7. При подаче заявления о постановке на учет в налоговом органе налогоплательщик одновременно с указанным заявлением представляет наряду с документами, указанными в статье 84 настоящего Кодекса, документы, предусмотренные пунктом 2 статьи 346.35 настоящего Кодекса.
8. Форма свидетельства о постановке на учет в налоговом органе инвестора по соглашению в качестве налогоплательщика, осуществляющего деятельность по выполнению соглашения, устанавливается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.
Указанное свидетельство должно содержать наименование соглашения, указание даты вступления соглашения в силу и срока его действия, наименование участка недр, предоставленного в пользование в соответствии с условиями соглашения, и указание его местонахождения, а также указание на то, что данный налогоплательщик является инвестором по соглашению или оператором соглашения и в отношении этого налогоплательщика применяется специальный налоговый режим, установленный настоящей главой.
При применении положений статьи 346.41 НК РФ следует учитывать, что Приказом МНС России от 17.03.2004 N САЭ-3-09/207 утверждены и введены в действие:
форма N 9-СРПЗ "Заявление о постановке на учет в налоговом органе налогоплательщика при выполнении соглашения о разделе продукции" (приложение N 1);
форма N 9-СРПС "Свидетельство о постановке на учет в налоговом органе налогоплательщика при выполнении соглашения о разделе продукции" (приложение N 2);
особенности постановки на учет иностранных организаций, выступающих в качестве инвестора по соглашению о разделе продукции или оператора соглашения (приложение N 3).
Также рассматриваемым Приказом установлен перечень документов, которые налогоплательщик представляет при постановке на учет в налоговом органе одновременно с заявлением о постановке на учет по форме N 9-СРПЗ.
Относительно применения положений статьи 346.41 НК РФ на практике следует отметить Постановление ФАС Дальневосточного округа от 23.07.2008 N Ф03-А59/08-2/1473, в котором суд признал несостоятельными доводы налогового органа в части НДС по счетам-фактурам, в которых в качестве покупателей указаны представительства компании. Суд, сославшись на положения статьи 346.41 НК РФ, исходил из того, что компания стоит на учете в налоговом органе по месту освоения предоставленных участков недр, поэтому весь НДС, уплаченный как непосредственно компанией, так и обособленными подразделениями в связи с приобретением товаров (работ, услуг) в рамках Сахалинского проекта, подлежит возмещению по месту предоставления налоговой отчетности, то есть в г. Южно-Сахалинске.